Μετά το θάνατο του ηγέτη της Σοσιαλιστικής Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας Γιόσιπ Μπροζ Τίτο το 1980, ο ολοένα αυξανόμενος εθνικισμός ανάμεσα στις γιουγκοσλαβικές δημοκρατίες άρχισε να απειλεί τη διάλυση την ένωσης.
Η διαδικασία αυτή εντάθηκε μετά τα μέσα της δεκαετίας του 1980 με την άνοδο του Σέρβου ηγέτη Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς. Το 1991, οι Σοσιαλιστικές Δημοκρατίες της Σλοβενίας, της Κροατίας και η Σοσιαλιστική Δημοκρατία της Μακεδονίας ανακήρυξαν την ανεξαρτησία τους.
Κατά τη διάρκεια του πολέμου στην Κροατία, που ακολούθησε, ο γιουγκοσλαβικός στρατός-υπό την κυριαρχία των Σέρβων- υποστήριξε Σέρβους αυτονομιστές στις βίαιες συγκρούσεις τους με κροατικές δυνάμεις.
Στη Βοσνία, οι Μουσουλμάνοι αντιπροσώπευαν τη μεγαλύτερη ενιαία ομάδα του πληθυσμού από το 1971. Πολλοί Σέρβοι και Κροάτες μετανάστευσαν κατά τη διάρκεια των επόμενων δύο δεκαετιών, και σε μια απογραφή πληθυσμού του 1991 στη Βοσνία, στα 4 εκατομμύρια πληθυσμού, το 44% ήταν Βόσνιοι, το 31% Σέρβοι, και το 17% Κροάτες. Οι εκλογές που διεξήχθησαν στα τέλη του 1990 οδήγησαν σε διάσπαση την κυβέρνηση συνασπισμού μεταξύ των κομμάτων που εκπροσωπούσαν τις τρεις εθνότητες, με επικεφαλής τον Βόσνιο Αλία Ιζετμπέκοβιτς.
Καθώς οι εντάσεις αύξαναν μέσα και έξω από τη χώρα, ο Σερβοβόσνιος ηγέτης Ράντοβαν Κάραζιτς και το Σερβικό Δημοκρατικό Κόμμα του παραιτήθηκε από την κυβέρνηση και δημιούργησε τη «Σερβική Εθνική Συνέλευση».
Την πρώτη Μαρτίου 1992 στην Βοσνία διεξάγεται δημοψήφισμα για την ανεξαρτησία της από τη Γιουγκοσλαβία (29 Φεβρουαρίου και 1 Μαρτίου του 1992). Στις 3 Μαρτίου ο Πρόεδρος Ιζετμπέκοβιτς διακηρύσσει την ανεξαρτησία της Βοσνίας.
Μη επιθυμώντας την ανεξαρτησία της Βοσνίας, οι Σέρβοι της Βοσνίας, ήθελαν να είναι μέρος ενός κυρίαρχου σερβικού κράτους στα Βαλκάνια, μια «Μεγάλη Σερβία», την οποία οι Σέρβοι αυτονομιστές οραματίζονταν από καιρό. Στις αρχές Μαΐου του 1992, δύο ημέρες μετά την αναγνώριση της ανεξαρτησίας της Βοσνίας από τις ΗΠΑ και την Ευρωπαϊκή Κοινότητα (προδρόμου της Ευρωπαϊκής Ένωσης), σερβοβοσνιακές δυνάμεις, με την υποστήριξη του Μιλόσεβιτς και τον γιουγκοσλαβικό (κυριαρχούμενο από Σέρβους) στρατό εξαπέλυσαν επίθεσή, βομβαρδίζοντας την πρωτεύουσα της Βοσνίας, το Σεράγεβο.
Επιτέθηκαν σε πόλεις με μεγάλο πληθυσμό Βοσνίων, όπως τις Zvonik, Foca και Visegrad, ενώ ακολούθησε η βίαιη εκδίωξη Βοσνίων πολιτών από την περιοχή, διαδικασία που αργότερα χαρακτηρίστηκε ως εθνοκάθαρση.
Αν και οι κυβερνητικές δυνάμεις της Βοσνίας προσπάθησαν να αμυνθούν, κάποιες φορές με τη βοήθεια του κροατικού στρατού, οι σερβοβοσνιακές δυνάμεις είχαν τον έλεγχο σχεδόν των 3/4 της χώρας στο τέλος του 1993.
Οι περισσότεροι Κροατοβόσνιοι είχαν εγκαταλείψει τη χώρα ενώ ένας σημαντικός αριθμός Βοσνίων παρέμενε σε μικρότερες πόλεις. Ο Οργανισμός Ηνωμένων Εθνών (ΟΗΕ), αρνήθηκε να παρέμβει στη σύγκρουση στη Βοσνία, αλλά μια εκστρατεία από τον Ύπατο Αρμοστή του ΟΗΕ για τους Πρόσφυγες παρείχε ανθρωπιστική βοήθεια στα θύματα του πολέμου που είχαν εκτοπιστεί και τραυματιστεί ή υποσιτίζονταν.
H Σφαγή της Σρεμπρένιτσα: Ιούλιος 1995
Μέχρι το καλοκαίρι του 1995, τρεις πόλεις στην ανατολική Βοσνία, η Σρεμπρένιτσα, η Ζέπα και η Gorazde παρέμεναν υπό τον έλεγχο της κυβέρνησης της Βοσνίας. Ο ΟΗΕ είχε κηρύξει αυτά τα περίκλειστα εδάφη ως «ασφαλή καταφύγια», το 1993, ώστε να είναι αφοπλισμένα να προστατεύονται από διεθνείς ειρηνευτικές δυνάμεις.
Ωστόσο, στις 11 Ιουλίου, Ο σερβοβοσνιακός στρατός υπό τον στρατηγό Ράτκο Μλάντιτς εισέρχεται στην κωμόπολη της Νότιας Βοσνίας και ύστερα από μικρή αντίσταση την καταλαμβάνει. Στη συνέχεια, σερβικές δυνάμεις χώρισαν τους Βόσνιους στη Σρεμπρένιτσα, βάζοντας τις γυναίκες και τα κορίτσια σε λεωφορεία και στέλνοντάς τους σε βοσνιακό έδαφος. Μερικές από τις γυναίκες έπεσαν θύματα βιασμού ή σεξουαλικής επίθεσης, ενώ οι άντρες και τα αγόρια που παρέμειναν πίσω εκτελέστηκαν αμέσως ή μεταφέρθηκαν σε χώρους μαζικής θανάτωσης. Εκτιμάται ότι σκοτώθηκαν από τις σερβικές δυνάμεις στη Σρεμπρένιτσα από 7.000 ως 8.000 άνθρωποι.
Όπως γράφει ο Τάκης Μίχας στην Ανίερη Συμμαχία, «την ίδια νύχτα, ένα ελληνικό τηλεοπτικό κανάλι μετέδωσε τηλεφωνική συνέντευξη ενός Έλληνα μαχητή στη Σρεμπρένιτσα. ‘Όταν το πυροβολικό σταμάτησε τους βομβαρδισμούς, μπήκαμε και καθαρίσαμε!’, δήλωσε με φωνή που παλλόταν από συγκίνηση.
Σύμφωνα με την εφημερίδα Έθνος, τέσσερις σημαίες υψώθηκαν στα ερείπια της ορθόδοξης εκκλησίας της Σρεμπρένιτσα: η σερβική, η ελληνική, της Βεργίνας και του Βυζαντίου. ‘Κυματίζουν μαζί, δίπλα-δίπλα και είναι η απόδειξη της αγάπης και της αλληλεγγύης των δύο λαών, της ευγνωμοσύνης των Σέρβων στρατιωτών για την βοήθεια των Ελλήνων εθελοντών που πολεμούν στο πλευρό τους’, ανέφερε στην ανταπόκρισή της η αθηναϊκή εφημερίδα».
Μετά την σερβοβοσνιανική κατάληψη της Ζέπα, τον ίδιο μήνα, και την έκρηξη μιας βόμβας σε πολυσύχναστη αγορά του Σεράγεβο, η διεθνής κοινότητα άρχισε να αντιδρά δυναμικά στη συνεχιζόμενη σύγκρουση και τον συνεχώς αυξανόμενο αριθμό των νεκρών. Τον Αύγουστο του 1995, αφού οι Σέρβοι αρνήθηκαν να συμμορφωθούν με το τελεσίγραφο του ΟΗΕ, το ΝΑΤΟ συμμαχώντας με βοσνιακές και κροατικές δυνάμεις βομβάρδισε επί τρεις εβδομάδες τις σερβοβοσνιακές θέσεις και προχώρησε σε χερσαία επίθεση.
Με την οικονομία της Σερβίας να πλήττεται από τις κυρώσεις των Ηνωμένων Εθνών και τις στρατιωτικές της δυνάμεις να δέχονται επίθεση, ο Μιλόσεβιτς συμφώνησε μετά από τρία χρόνια πολέμου να αρχίσουν οι διαπραγματεύσεις τον Οκτώβριο. Στις υπό την αιγίδα των ΗΠΑ ειρηνευτικές συνομιλίες στο Ντέιτον του Οχάιο το Νοέμβριο του 1995 (στις οποίες μετείχαν ο Ιζετμπέγκοβιτς, ο Μιλόσεβιτς και ο Πρόεδρος της Κροατίας, Φράνιο Τούτζμαν) συμφωνήθηκε ο διαχωρισμός της Βοσνίας: το 51% ως Κροατο-Μουσουλμανικός τομέας, υπό την ονομασία Ομοσπονδία της Βοσνίας - Ερζεγοβίνης που είχε δημιουργηθεί τον Ιανουάριο του 1994, και στο τομέα της Σερβικής Δημοκρατίας το υπόλοιπο 49% της χώρας.
Στη διάρκεια του πολέμου στη Βοσνία σκοτώθηκαν 278.000 άνθρωποι, εκ των οποίων 150.000 ήταν Μουσουλμάνοι, 97.000 Σέρβοι και 28.000 Κροάτες. Την ίδια περίοδο μετακινήθηκαν 1.370.000 κάτοικοι, εκ των οποίων 702.000 ήταν Μουσουλμάνοι, 410.000 Σέρβοι και 155.000 Κροάτες.
